化学药剂是目前最常用的方法，常用的化学药剂有多菌灵、甲基硫菌灵等，这些药剂的使用可以有效地控制水稻绵腐病，但也存在着对环境和人体健康的潜在危害。
生物制剂是一种比较安全的防治方法，可以利用生物制剂中的有益微生物对水稻绵腐病进行防治，如利用木霉素等真菌制剂进行防治。
非化学控制措施主要是采取一些物理防治方法，如农艺措施、耕作措施等，可以改善土壤环境，提高水稻的抗病能力。
综合来看，针对水稻绵腐病的防治，应采取多种方法，避免单一药剂过度使用，从而达到更好的防治效果。