1、如果和破产债务人对债权债务纠纷约定了，那么当管理人对该债权不予确认登记时，债权人就应当向仲裁委提出债权确认申请，受理破产的没有管辖权。
2、实践中，破产案件一般由中级人民受理。如果破产债权确认之诉数量庞大，标的较小，争议简单的话，全部由中级审理，二审均由高级受理，不利于司法资源的有效配置。此时，受理破产申请的中级，可以利用第3规定的管辖权转移制度，将本应由自己审理的案件，报请高级人民批准，交由基层人民审理。《解释二》第四十七条第二款也给予了肯定。具体操作时，职工破产债权确认纠纷可以全部交由基层人民审理，普通破产债权确认纠纷可以根据标的额，按级别管辖的规定本应由基层人民审理的案件，交基层人民审理。破产案件由受理破产申请的专属管辖，是为了实现集中审理，因此，在将案件指定基层人民审理时，应当指定唯一的基层人民，例如可以是破产债务人住所地的基层。报请高级人民批准，也无需一案一报，可以在受理破产申请时，提出方案，报请高院统一批准。以后出现破产债权确认纠纷时，按方案确定审理。但是立案还是应当由受理破产申请的中级统一立案，便于统计管理。
3、破产债权确认纠纷拟确认的债权，如果属于海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等须专门管辖的案件，则此类案件由受理破产的集中审理，就未必有利。此时较好的做法是由上级人民指定一家有权管辖此种专业案件的，集中审理类似案件。对此，《破产法解释二》第四十七条第三款给予了肯定。
1、《民事诉讼法》第3规定管辖权转移制度，将本应由自己审理的案件，报请高级人民批准，交由基层人民审理。
2、《破产法司法解释》第四十七条人民受理破产申请后，当事人提起的有关的民事诉讼案件，应当依据企业破产法第二十一条的规定，由受理破产申请的人民管辖。受理破产申请的人民管辖的有关债务人的第一审民事案件，可以依据民事诉讼法第三十的规定，由上级人民提审，或者报请上级人民批准后交下级人民审理。受理破产申请的人民，如对有关债务人的海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等案件不能行使管辖权的，可以依据民事诉讼法第三十七条的规定，由上级人民指定管辖。
3、《破产法》第二十一条人民受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民提起。